ערב יום הכיפורים, נשיא המדינה יצחק הרצוג החליט להיעתר לבקשתו של אלאור אזריה ולמחוק את יתרת תקופת הרישום הפלילי, ולאפשר לו להמשיך בחייו.
לאחר שנים ארוכות שבהן נשא אזריה בתוצאות מעשיו, סבור הנשיא כי מכלול הנסיבות, חלוף הזמן והצער שהביע מצדיקים לאפשר לו לפתוח דף חדש בחייו. החלטה זו התקבלה גם ברוח הימים הללו ומתוך אמונה בחשיבותם של תיקון, פיוס והיכולת להמשיך קדימה.
נשיא המדינה חתם הערב, מוצאי שבת, ח' בתשרי, 19 בספטמבר, על קיצור תקופת המחיקה ברישום הפלילי של אלאור אזריה, וזאת לאחר שבחן את מכלול נסיבות המקרה והשיקולים הנוגעים לבקשה.
בבסיס החלטת הנשיא עומדים ברוח תקופת הרחמים והסליחות בעם ישראל:
• פרק הזמן המשמעותי שחלף מאז הפרשה.
• העובדה שנשא בעונש שנגזר עליו.
• תקופת ההתיישנות על העבירות שביצע חלפה זה מכבר.
• נסיבותיו האישיות והמשפחתיות שהשתנו במהלך השנים.
• רצונו להסיר את החסמים הניצבים בפניו כיום בתחומי התעסוקה ולפתוח דף חדש בחייו.
בפנייתו לנשיא הרצוג אזריה הדגיש מפורשות כי הוא מכבד את ערכי צה”ל והם יקרים לו, וכיום, כאב לשני ילדים קטנים, הוא מבקש לחנכם לאור ערכים אלה. בפנייתו הוא הביע צער בין היתר על השלכותיה הקשות של הפרשה. יצויין כי כבר בפנייתו הראשונה, שהייתה לנשיא רבלין, הוא קבע כי בהתחשב בניתוח האירוע בדיעבד בלבד, הירי היה טעות מבצעית, ובדיעבד לא היה מבצע אותו.
הנשיא נתן משקל גם לנסיבות הרפואיות המורכבות שעימן התמודדה משפחת אזריה במהלך השנים שחלפו מאז פרוץ הפרשה, ולשינוי שחל בחייו של אלאור אזריה מאז. בהתחשב בכך, בחלוף כעשור, לאחר שאזריה נשא בעונשו ושילם את חובו לחברה, שהרמטכ"ל דאז רא"ל גדי איזנקוט קיצר את עונשו, סבור הנשיא כי הגיעה העת לאפשר לו להמשיך בחייו.
נשיא המדינה מדגיש כי החלטתו אינה באה לערער או לפגום בהליך המשפטי שהתנהל בפרשה ואינה מהווה בחינה מחודשת שלו. הנשיא רואה בתפקידה של מערכת המשפט הצבאית כלי חיוני בשמירה על שלטון החוק, על ערכי צה״ל, על עקרונותיו ובפרט ההקפדה על טוהר הנשק. הנשיא מבהיר כי מוסד החנינה הוא מוסד של חסד, הוא אינו ערכאת ערעור. גם אזריה בפנייתו הבהיר כי אין לו כוונה לפתוח את הנושא מחדש.
לאור זאת, בהתחשב גם בעמדות שהוצגו בנושא בעבר ובהווה על ידי נושאי משרה רלוונטיים, קיבל הנשיא הרצוג את המלצתו של שר הביטחון ישראל כץ, לקצר מיידית את הרישום הפלילי של אלאור אזריה.